交易制度引入连续竞价提升市场流动性
此次新三板全面深化改革，对精选层的交易制度进行了设计，精选层将采取连续竞价的交易方式，并且可以引入做市商机制。
新三板资深研究人士彭海认为，首批入选精选层的企业，每家如果募资几个亿，那几十家企业加起来就有上百亿的交易规模了，整个市场从交易额、交易量上肯定会有大幅度的提升。
二级市场会不会出现部分股票因股权相对集中而被少数人控盘的现象呢？彭海表示，为了避免企业股权集中可能引发的控盘等问题，《全国中小企业股份转让系统分层管理办法》规定，申报精选层需进行公开发行，公开发行的股份不少于100万股，发行对象不少于100人，公开发行后，公司股东人数不少于200人，公众股东持股比例不低于公司股本总额的25%。因此，控盘问题不太可能会发生。
安信证券新三板研究负责人诸海滨认为，交易制度的改革是配合精选层的公开发行、投资者准入制度等改革一起的。交易改革重点在于精选层引入连续竞价，而在创新层与基础层则延续集合竞价并提升撮合频率，降低最低申报数至100股，取消最小交易单位，这一系列措施预计将提升市场流动性、保障市场稳定性。
数据显示，新三板公司2018年平均年化换手率为4.04%，其中做市公司年化换手率为5.27%，创新层公司次之，平均年化换手率为4.94%。而A 股上市公司平均拥有约5.1万户股东，最新年化换手率533%，其中中小板公司平均拥有4.4万户股东，最新年化换手率551%，创业板公司平均拥有2.6万户股东，最新年化换手率761%。交易制度的改革尤其是精选层连续竞价的推出，诸海滨认为这是向场内市场对接的重要方式，也是后续改革转板中的重要一环。
精选层的交易制度中最引人关注的就是做市商机制，引发了外界对精选层或将引入做市交易的猜测。
诸海滨则认为，未来有可能推出混合做市。纳斯达克市场便是在原有的做市商制度下引进了竞价交易制度，改善市场流动性问题，目前采用的是混合交易方式。而英国伦敦证券交易所则是在原先采用竞价制度的市场引入竞争性做市商制度，做市商的双边报价与投资者的委托共同参与集中竞价，交易仍然主要按照“价格优先、时间优先”的竞价原则进行，做市商或者承担连续报价的义务，或者只承担特定情况下报价的义务。